Pazu, um aprendiz de engenheiro, encontra uma jovem garota, Sheeta, flutuando pelos céus e usando um colar brilhante. Juntos eles descobriram que ambos estão procurando por um lendário castelo flutuante, Laputa, e prometem desvendar o mistério do cristal luminoso do colar de Sheeta. Contudo, a aventura deles não será fácil. Há piratas gananciosos dos céus, agentes secretos do governo e obstáculos impressionantes que tentam esconder a verdade e os separá-los.