Quando um OVNI pousa no Japão e seus tripulantes alegam vir de um futuro onde o país foi destruído por Godzilla, um grupo de pesquisadores junta-se a eles em uma viagem ao passado para evitar o surgimento do monstro. Mas isso acaba por trazer à vida um ser ainda mais terrível, King Ghidorah, e apenas o próprio Godzilla é capaz de enfrentá-lo.